Gakuen Alice

มิคัง ซากุระ และโฮตารุ อิมาอิ เป็นเพื่อนสนิทที่แยกจากกันไม่ได้ แม้ว่าดูเหมือนว่าโฮตารุจะไม่รู้สึกแบบเดียวกันก็ตาม มิคังเชื่ออย่างใสซื่อว่าเพื่อนสนิทที่ดูเย็นชาของเธอจะอยู่เคียงข้างเธอเสมอ จนกระทั่งโฮตารุตัดสินใจไปโตเกียวเพื่อเข้าเรียนที่โรงเรียนอลิซ โรงเรียนแห่งนี้เป็นที่อยู่ของเด็กอัจฉริยะที่มีความสามารถพิเศษที่เรียกว่าอลิซ ด้วยความเสียใจและรู้สึกถูกทอดทิ้ง มิคังจึงหนีออกจากบ้านเพื่อตามหาเพื่อน โดยหวังว่าเธอจะสามารถเข้าเรียนในสถาบันอันทรงเกียรตินี้ได้เช่นกัน

เมื่อมิคังได้รับการยอมรับเข้าเรียนที่โรงเรียนอลิซและได้กลับมาพบกับเพื่อนอีกครั้ง เธอก็ได้เรียนรู้ว่าโรงเรียนแห่งนี้ไม่ได้มีแต่ความสนุกสนาน โรงเรียนแห่งนี้แบ่งออกเป็นระบบลำดับชั้นตามความแข็งแกร่งของอลิซ พฤติกรรม และผลการเรียน รวมถึงการจัดกลุ่มนักเรียนแต่ละคนไว้ในกลุ่มย่อยของอลิซเพื่อการศึกษาที่เป็นส่วนตัวมากขึ้น เมื่อเธอพบว่าตัวเองอยู่ในลำดับต่ำสุด มิคังก็ต้องเผชิญกับการกลั่นแกล้งจากเพื่อนร่วมชั้นที่เชื่อว่าเธอไม่ควรอยู่ที่นี่ นัตสึเมะ ฮิวงะ หนึ่งในนักเรียนที่มีผลการเรียนดีที่สุดของโรงเรียน แสดงท่าทีเป็นปรปักษ์ต่อมิคังอย่างไม่มีเหตุผล

เหล่านักเรียนเริ่มค้นพบว่าโรงเรียนพิเศษแห่งนี้มีความลับซ่อนอยู่มากมาย ซึ่งหลายอย่างนั้นมืดมนกว่าที่คิด ขณะที่พวกเขาไขปริศนาเหล่านี้ มิคังและเพื่อนๆ ก็พบว่าตัวเองเข้าไปพัวพันกับเรื่องใหญ่กว่าที่พวกเขาคาดคิดไว้มาก